Com o lançamento do seu Programa ambiental em 2007 a Fetranspor iniciou o programa de compensação ambiental, estabelecendo metas inicialmente baseadas no reflorestamento de áreas de relevante interesse ecológico no Estado do Rio de Janeiro. Este programa foi estruturado com base na mitigação dos efeitos adversos sobre o meio ambiente decorrentes das emissões de gases de efeito estufa, em especial o CO2, pelo transporte público de passageiros.
A primeira iniciativa de reflorestamento ocorreu no Projeto Mangue Vivo através de uma parceria com a ONG Fundação Movimento OndAzul. A OndAzul foi criada em 1990 por Gilberto Gil e um grupo de notáveis ambientalistas. Atualmente, é considerada uma das ONG´s ambientalistas mais respeitadas do Brasil, pela sua conduta ética e constante inovação nas práticas metodológicas socioambientais. Em 2001, a Fundação iniciou seu trabalho de recuperação de áreas de manguezais ao longo da Baía de Guanabara através do projeto Mangue Vivo, o qual já recuperou uma área de 12 hectares entre o município de Magé e Duque de Caxias. Hoje, a região que se assemelhava a um pequeno deserto de lama ressecada com lixo e esgoto doméstico já possui um jovem ecossitema de manguezais.
Os manguezais são ecossistemas particulares que se estabelecem em regiões tropicais costeiras originadas do encontro das águas doce e salgada, e desempenham importante papel como exportador de matéria orgânica para os estuários, contribuindo para a produtividade na zona costeira. A sua biodiversidade faz com que essas áreas se constituam em grandes "berçários" naturais para diversas espécies.
Em junho de 2008, a Fetranspor organizou um mutirão de funcionários e realizou o replantio de 120 mil mudas no Projeto Mangue Vivo em área localizada no Município de Magé, as margens da Baía de Guanabara. Com isso, parte das metas de reflorestamento inicialmente estipuladas para o setor de transporte coletivo de passageiro do Rio de Janeiro foram cumpridas. O sucesso do projeto foi atestado pela presença, nesses dois últimos anos, de Flamingos, aves do sul do país em ameaça de extinção e de quatro novas espécies de caranguejos.
Com esta iniciativa, cerca de 36 mil toneladas de carbono puderam ser retiradas da atmosfera e conferiram à Fetranspor uma redução de 2,34% das emissões totais de gases de efeito estufa do setor. Em 2009, foi disponibilizado, através do Centro de Serviços Ambientais, o serviço de consultoria para a compensação ambiental a todas as empresas associadas à Fetranspor, com orientações para elaboração de um inventário de emissões e para o cálculo das compensações necessárias e desejáveis.
